Ako žalba nije dopuštena, nije podnijeta od ovlaštene osobe ili nije podnijeta u roku prvostupanjsko porezno tijelo žalbu će odbaciti. Protiv rješenja o odbacivanju žalbe može se podnijeti žalba.
Prvostupanjsko porezno tijelo će porezni akt izmijeniti tijekom postupka po žalbi: ako ocijeni da je žalba opravdana i nije nužno provoditi novi ispitni postupak, ako ocijeni da je provedeni postupak bio nepotpun, a to je moglo biti od utjecaja na rješavanje, ako žalitelj u žalbi iznosi takve činjenice i dokaze koji bi mogli biti od utjecaja na drukčije rješavanje stvari, ako je žalitelju moralo biti omogućeno da sudjeluje u postupku, ili ako je žalitelj propustio sudjelovati u postupku ali je u žalbi opravdao to propuštanje.
Prvostupanjsko porezno tijelo će u žalbenom postupku žalbu usvojiti i novim poreznim aktom zamijeniti porezni akt koji se žalbom pobija, i to u slučaju ako je žalba opravdana bez provođenja dopunskog postupka, a u drugim navedenim slučajevima uz provođenje dopunskog postupka. Protiv novog poreznog akta porezni obveznik može podnijeti žalbu. Novi porezni akt može se izmijeniti do donošenja odluke o žalbi. O žalbi protiv poreznog akta kojeg je donijelo prvostupanjsko porezno tijelo odlučuje nadležno drugostupanjsko porezno tijelo određeno zakonom.

U žalbenom postupku sudjeluju žalitelj i osoba pozvana da sudjeluje u postupku. Drugostupanjsko porezno tijelo po službenoj dužnosti ili na temelju zahtjeva poreznog obveznika, uključit će u postupak one osobe čiji bi pravni interes mogao odlukom poreznog tijela biti pogođen, a prije svega, osobe koje, uz poreznog obveznika, jamče za njegov porezni dug. Prije nego što porezno tijelo uključi navedene osobe u postupak mora omogućiti podnositelju žalbe da se o toj činjenici očituje.

Osobi pozvanoj na sudjelovanje u postupku treba priopćiti sve zahtjeve i izjave ostalih sudionika. Ta osoba ima pravo očitovati se, davati izjave o činjenicama i postavljati vlastite zahtjeve u okviru žaliteljevih zahtjeva. Žalba odgađa izvršenje pobijanoga poreznog akta do donošenja rješenja o žalbi.

Iznimno, žalba ne odgađa izvršenje pobijanoga poreznog akta koji je donijet na temelju podataka koje je porezni obveznik sam naveo u poreznoj prijavi. Podnositelj žalbe može odustati od žalbe do donošenja rješenja o žalbi. Odustankom od žalbe ne gubi se pravo na ponovnu žalbu ako žalbeni rok nije istekao. Ako rješenje o žalbi, potpuno ili djelomično ovisi o prethodnom pitanju koje je predmet sudskog spora ili je u nadležnosti drugog tijela državne uprave, nadležno drugostupanjsko porezno tijelo može zaključkom privremeno prekinuti postupak do okončanja sudskog spora ili do donošenja odluke nadležnog tijela državne uprave.
Za vrijeme trajanja privremenog prekida postupka ne teku zastarni rokovi.

Nadležno drugostupanjsko porezno tijelo dužno je ispitati zakonitost pobijanoga poreznog akta u cijelosti a posebno u dijelovima na koje se odnosi žalba. Nadležno drugostupanjsko porezno tijelo može odlučiti zbog složenosti sporne stvari ili ako ocijeni da je to potrebno radi boljeg razjašnjavanja stanja stvari da će se u postupku po žalbi izvoditi dokazi.

Ako nadležno drugostupanjsko porezno tijelo izvodi dokaze, poreznom obvezniku uputit će se poziv za sudjelovanje u postupku. Ne odazivanje pozivu od strane poreznog obveznika ne zadržava rad drugostupanjskoga poreznog tijela.
Ako se pobijani porezni akt izmijeni prije donošenja rješenja o žalbi, tada predmetom postupak po žalbi postaje i novi porezni akt. Rješenje o žalbi porezno tijelo mora donijeti i dostaviti stranci najkasnije u roku od dva mjeseca računajući od dana predaje žalbe.

Porezno tijelo protiv čijeg je rješenja pravodobno podnijeta tužba nadležnom sudu može do okončanja spora, poništiti ili izmijeniti svoje rješenje iz onih razloga iz kojih bi sud mogao poništiti to rješenje. Poništavanje ili izmjena rješenja može se izvršiti samo ako se na taj način otklanja nezakonitost rješenja i ako se time porezni obveznik ne dovodi u lošiji položaj. Porezno rješenje dostavlja se poreznom obvezniku i nadležnom sudu.